Müller, Boateng y Javi Martínez renovaron hasta 2021 mientras que Xabi Alonso, cuyo contrato vencía a finales de esta temporada, renovó hasta 2017.
Los nuevos contratos de Müller, Boateng y Martínez tienen la máxima duración permitida por la FIFA, que es de cinco años.
La renovación de Müller, uno de los símbolos del club pretendido por varios clubes ingleses y que tenía contrato hasta 2019, era una de las prioridades del Bayern.
Müller, a través de su cuenta de twitter, se declaró "feliz y orgulloso" de haber ampliado su contrato con el Bayern.
Xabi Alonso, en conferencia de prensa, se declaró también satisfecho de su renovación y dijo que él y su familia se sienten muy a gusto en Múnich.
Según cifras que barajan medios de información alemanes, Müller pasará a ser uno de los jugadores mejor remunerados del Bayern con un sueldo anual de 13,5 millones de euros.
Las renovaciones han sido anunciadas justo cuando se da por sentado que, a más tardar, a comienzos de la próxima semana se anuncie que el actual entrenador, Pep Guardiola, no continuará en el club la próxima temporada.