Kvyat se apuntó el mejor registro, de 1:48.277 en 6 vueltas durante sus últimos intentos bajo la lluvia, imponiéndose por 23 milésimas sobre mojado al tiempo logrado por Rosberg cuando la pista estaba algo más seca. El teutón, que dio 8 giros, había sido mejor que su compañero Hamilton, líder del Mundial y con las mismas vueltas en su haber en esta sesión.
Por detrás se ubicaron los tiempos del australiano Daniel Ricciardo (Red Bull), los Ferrari del alemán Sebastian Vettel y el finlandés Kimi Raikkonen, el español Carlos Sainz (Toro Rosso) y su compañero holandés Max Verstappen y el venezolano Pastor Maldonado (Lotus), décimo mejor registro.
El español Fernando Alonso (McLaren), con problemas de motor, salió a rodar en la última media hora con la pista muy mojada y acabó en el decimoséptimo mejor tiempo en sus 10 vueltas. Solo se quedó sin marcar vuelta el finlandés Valtteri Bottas (Williams).
La sesión se disputó con 22 grados centígrados de temperatura en la pista y 24 en el asfalto de Suzuka, con una humedad del 88 por ciento y lluvia durante la segunda mitad del tiempo cronometrado de prueba.
Después de una primera sesión en la que solo pudieron marcar tiempo doce pilotos de los veinte del Mundial por la lluvia, y con Sainz como el más rápido, los pilotos intentaron recuperar rodaje desde el arranque de la segunda ronda.
El ruso Daniil Kvyat fue el primero, con un registro de 1:49.374, al que se fueron sumando varios pilotos, pero fue Rosberg quien se llevó el gato al agua quince minutos después, parando el cronómetro en 1:48.300. Por detrás, el líder del Mundial Hamilton, y el australiano Daniel Ricciardo.
En una pista que se iba secando por momentos, hasta dieciséis pilotos habían salido cuando se cumplía la primera media hora. Entre ellos no estaba el español Fernando Alonso, con problemas mecánicos, ni su compañero británico Jenson Button. Pero no pasaría mucho tiempo hasta que llegaban las notificaciones de lluvia en Suzuka.
Llegaban a salir el holandés Max Verstappen y el británico Jenson Button cuando hacía acto de presencia la lluvia en Suzuka y la mayor parte de pilotos se quedaban en los talleres. Tan solo los Ferrari desafiaban al asfalto mojado y al escaso drenaje de la pista.
En ese momento se decidió a salir de los talleres en McLaren de Fernando Alonso, que no pudo ni marcar tiempo pero dio sus primeras vueltas. Sí lo hizo Kvyat, que sorprendía mejorando a Rosberg en 23 milésimas y estableciendo el crono definitivo mientras la lluvia arreciaba.
A falta de la última media hora, todos los pilotos estaban en los talleres por las precipitaciones constantes en Suzuka, exceptuando Alonso, que se apuntaba seis vueltas en solitario con las ruedas de piso mojado y ganaba rodaje.
Tanto los Mercedes como los Ferrari realizaron algunas vueltas de rodaje y pruebas de salidas en los instantes finales de la sesión, que se mantuvo sin cambios en la tabla de tiempos, con Kvyat en la cima.