Una vez más y casi desde el principio, Jorge Lorenzo, vencedor de los dos últimos grandes premios de Japón en el circuito de Motegi, impuso su ritmo, con una mejor vuelta rápida inicial de 1:45.426, que ya era unas milésimas de segundo más rápida que la que protagonizó por la mañana, al rodar en 1:45.432.
Tras su estela se colocó en primera instancia Marc Márquez (Repsol Honda RC 213 V), quien dio un paso adelante en su rendimiento, a pesar de la lesión en el meñique de la mano izquierda, con un mejor tiempo de 1:45.529, que le situó a escasamente una décima de segundo del piloto de Yamaha y más de cuatro décimas de segundo por debajo del mejor tiempo que logró por la mañana.
Los minutos finales se convirtieron en una nueva constante de intentos por desbancar a Jorge Lorenzo de la primera posición a manos de los italianos Andrea Iannone (Ducati Desmosedici GP15) o Valentino Rossi (Yamaha YZR M 1), pero en algunos de los cuatro parciales del trazado no terminaron de superar a su rival y concluyeron el día con suerte dispar.
Por contra, fue el británico Bradley Smith (Yamaha YZR M 1) fue el que lo consiguió a poco más de cuatro minutos para el final, cuando marcó un 1:45.358 que superó por 68 milésimas de segundo a Lorenzo y después 1:45.250, si bien muchos pilotos estaban en pista con parciales de vuelta rápida, entre ellos Lorenzo.
El español protagonizó su primera vuelta rápida final con 1:44.731, al ser el primer piloto en romper la barrera de los 45 segundos, lo que le devolvió a la posición de cabeza de la clasificación con más de medio segundo sobre Smith, pero poco después se acercó Andrea Iannone (1:45.099 y 1:45.043), antes de que lo doblegase Dani Pedrosa.
El español de Repsol fue el segundo y último piloto en bajar de los 45 segundos al rodar en 1:44.859 en su penúltimo giro, a pesar de que tras el rebufo de su moto se pegó el italiano Andrea Dovizioso (Ducati Desmosedici GP15), en un claro intento de beneficiarse, sin éxito (cuarto), de la aspiración y la trayectoria en pista de su rival.
Y, en tanto Jorge Lorenzo no falló, a pesar de la lesión en su hombro izquierdo, su compañero de equipo y líder del mundial, el italiano Valentino Rossi (Yamaha YZR M 1), acabó en una preocupante octava plaza, a más de ocho décimas de segundo.
Rossi tendrá que esforzarse al máximo en la segunda y última jornada de entrenamientos si quiere pelear con Lorenzo por el campeonato, pues con el resultado actual saldría desde la tercera línea de salida, muy lejos de Lorenzo.
Justo tras Dovizioso acabó Bradley Smith y el español Aleix Espargaró, primera Suzuki de la clasificación, por delante de Marc Márquez, séptimo, Valentino Rossi, Pol Espargaró (Yamaha YZR M 1) y Héctor Barberá (Ducati Desmosedici GP14).
Barberá, que cumple su gran premio número cien en MotoGP, tuvo una actuación más que destacada al firmar el décimo mejor tiempo, tras mejorar su registro matinal en más de un segundo y enmendar un pequeño error de cronometraje, pues no se apercibió inicialmente que la toma de tiempos en Motegi se realiza en un punto distinto por escasos metros al de la línea de llegada y aflojó antes de tiempo por la mañana.
Maverick Viñales, el segundo piloto de Suzuki, se tuvo que conformar con la decimocuarta plaza, en tanto que Álvaro Bautista (Aprilia RS-GP) fue vigésimo segundo, con Toni Elías (Forward Yamaha) en vigésimo quinto lugar.
