Según el informe, al que ha tenido acceso Efe, el maquinista accionó los frenos de emergencia "al comprobar que la falta de balasto bajo las vías hacía imposible circular sobre ellas". El convoy recorrió sin control 410 metros durante 21 segundos hasta que se detuvo. Algunos pasajeros relataron a Onda Cero los momentos de pánico vividos. Un grupo de agricultores que trabajaban en la zona fueron los primeros en atender a los heridos, mientras llegaban los servicios de emergencia. Algunas ambulancias se quedaron atascadas en el barrizal y la policía local pedía que se acercaran tractores para ayudar a remolcarlas. También se movilizaron miembros del ejército de tierra con base en Morón.
Los expertos que han estudiado el accidente han determinado que su causa directa fue "la súbita alteración y deformación de la vía, con desconsolidación y pérdida de elementos de la superestructura, al ser sobrepasada por la altura del agua debido a las inundaciones por fuertes lluvias que ocasionaron el desbordamiento de los cauces de los ríos próximos, provocando una fuerte avenida de agua y un arrastre de los materiales de la vía".
Además, apunta a un "factor coadyuvante" y llama la atención sobre "la inexistencia de obras específicas de drenaje o encauzamiento perimetral para poder salvaguardar la infraestructura de las fuertes lluvias registradas y de las posibles complicaciones que de ellas se deriven".
Dice el informe que "a la hora de realizar el proyecto no se han tenido en cuenta en el diseño las condiciones topográficas, hidrológicas e hidráulicas de la zona del suceso, incluyendo la concurrencia en un punto bajo de las tres estructuras: puente sobre el arroyo Alameda, vía férrea y paso superior del camino que da acceso a la carretera A-394".
Además, señala una "causa raíz", como denomina a "la falta de identificación de forma metódica de las zonas inundables con afección a las vías férreas", lo que dio lugar a que el punto kilométrico donde se produjo el accidente por la fuerte avenida de agua no estaba incluido entre los puntos de riesgo de la línea, por lo que no se aplicaron las medidas establecidas en el Manual de Prevención y Gestión de Incidencias (MPGI) de Adif.
La comisión considera, a nivel global, que el Plan de Contingencias presenta carencias a la hora de abordar fenómenos meteorológicos similares a los ocurridos en este suceso, "de forma que las medidas adoptadas son claramente insuficientes", por lo que recomienda "diseñar un protocolo para la identificación y revisión de puntos y tramos con riesgo de inundación por desbordamiento de ríos y arroyos que puedan afectar a las vías férreas".
A ello une la recomendación de "estudiar la implantación de un protocolo o procedimiento operativo para coordinar las informaciones sobre posibles avenidas o crecidas de los cauces fluviales detectadas por las confederaciones hidrográficas, que puedan afectar a las vías férreas, y la interpretación de esos datos".
El juzgado de Marchena abrió una investigación días después del accidente, que está a la espera de la apertura de juicio oral.