El principal objetivo científico de la misión es el estudio de la materia oscura del Universo que, de acuerdo con diferentes observables cosmológicos, podría ser hasta cinco veces más abundante que la materia ordinaria.
Debido a sus propiedades, la detección directa de la materia oscura es muy compleja y, por ahora, solo somos conscientes de su existencia a través de sus efectos gravitatorios. Son precisamente estos efectos sobre las pequeñas galaxias satélites que orbitan en el halo de grandes galaxias como nuestra Vía Láctea los que ARRAKIHS podrá descubrir y caracterizar, contribuyendo a desvelar la distribución y naturaleza de la materia oscura.
El Centro de Estudios de Física del Cosmos de Aragón forma parte del equipo científico de la misión ARRAKIHS y lidera, junto con el Instituto Astrofísico de Andalucía, IAA, el grupo "Payload Ground Tests” (pruebas de la carga útil desde tierra). El CEFCA coordinará la realización de pruebas de las cámaras iSIM, detectores y filtros de la misión desde el Observatorio Astrofísico de Javalambre, según ha explicado su director, Antonio Marín, en Más de Uno Teruel.