Estudis científics han demostrat que les persones obeses tenen una disminució de la diversitat microbiana, amb major presencia de bacteris que augmenten els gens responsables del metabolisme dels carbohidrats, una disminució de Bifidobacterium que son els responsable de la síntesis de vitamines i diferents cofactors del metabolisme, presencia de bacteris que intervenen en la regulació de la glucosa i teixit adipós i, finalment, un augment de diferents metabòlits estalviadors d’energia. Dos principals mecanismes pels quals la composició de la microbiota podria ser un factor causant de l'obesitat: El primer mecanisme afectaria la predisposició de l'hoste a aprofitar una major quantitat de calories dels aliments i, per tant, al desenvolupament d'obesitat i de major adipositat, el segon que fa referència a un procés d'inflamació sistèmica resistent a la insulina i que provoca malalties metabòliques associades a l'obesitat.