El Villarreal formará parte de un bombo en el que estará acompañado del Chelsea (como campeón de la Champions) y de los diferentes campeones de las ligas más importantes de Europa:, Manchester City, Bayern Múnich, Atlético de Madrid, Lille, Inter de Milán y Sporting de Portugal. Por su parte en el bombo dos esperan los rivales más potentes del campeonato :Real Madrid, Barcelona, Sevilla (que en condición de españoles no se pueden medir en esta eliminatoria a los amarillos), además de los todopoderosos PSG, Juventus, Liverpool, Manchester United y Borussia Dortmund.
Dada la dificultad que entrañan los rivales de este segundo grupo , el equipo de Unai Emery deberá estar muy atento a los posibles contrincantes que el sorteo depare de los grupos terceros y cuartos. En este sentido en el bombo tres el rival saldrá de la terna formada por Oporto, Ajax, Atalanta, RB Leipzig, Zenit, Benfica, Salzburgo, Shakthar. Por su parte en el cuatro esperan el ACMilan, Wolfsburgo, Club Brujas, Young Boys, Malmoe, Dinamo Kiev, Besiktas, Sheriff.
Cuarta participación en la fase de grupos
Para el Villarreal será su cuarta participación en esta fase de la Liga de Campeones, y hasta la fecha lo ha hecho con suerte dispar. Los de La Cerámica formaron parte de la fase de grupos de la temporada 05/06, en la que sorprendentemente finalizaron como líderes de grupo por delante del Manchester United, Benfica y Lille. Con Pellegrini en la banca repitieron en la campaña 08/09 para ser segundos , mientras que en la campaña 2011/12 firmaron su peor participación al quedar últimos de un potente grupo con Bayern de Munich, Nápoles y Manchester City