En prisión desde el año 2002, Txapote se enfrentaba a una petición fiscal de 14 años y 8 meses de cárcel por estos hechos, si bien ha sido absuelto "al declararse extinguida su responsabilidad penal por prescripción de los delitos".
El atentado se produjo en julio de 1995 cuando el comando Donosti, integrado por "Txapote" y los etarras ya condenados Valentín Lasarte Oliden y Juan Ramón Carasatorre Aldaz "Zapata", efectuaron dos disparos con un lanzagranadas de 83 milímetros contra el edificio del Gobierno civil de Guipúzcoa.
Txapote, que se negó a declarar en el juicio, estaba acusado de los delitos de terrorismo, de utilización ilegítima de vehículo de motor y de sustitución de placas de matrícula.
El que fuera jefe militar de ETA entre 1996 y 2001 acumula penas que superan los 450 años de prisión por los asesinatos del concejal del PP en Ermua Miguel Ángel Blanco; el dirigente popular en Guipúzcoa Gregorio Ordóñez; el dirigente socialista en el País Vasco Fernando Mújica y el socialista Fernando Buesa y su escolta, Jorge Diez Elorza, entre otros.