La Corte europea ha otorgado una indemnización de un euro a cada uno de los tres demandantes (además de Atutxa, los exmiembros de la mesa del Parlamento Kontxi Bilbao y Gorka Knörr, también condenados, al igual que él, por el Supremo) por daños morales como habían reclamado, y 600 euros para los tres por gastos y honorarios.
Los jueces europeos consideran que se vulneró su derecho a un juicio justo, debido a que "las cuestiones que debían ser examinadas por el Tribunal Supremo necesitaban la apreciación directa del testimonio de los demandantes".
