Según han confirmado fuentes de la investigación, Apeztegia ha sido detenido por un presunto delito de pertenencia a organización terrorista con el agravante de reincidencia en el marco de la operación 'Lenteak'. El etarra está acusado de haber constituido desde prisión en el año 2002 un canal de comunicación estable y seguro con la dirección de la organización terrorista a través del que remitió varias informaciones sobre potenciales objetivos proponiendo atentar contra ellos.
Algunas de estas informaciones fueron incautadas en 2003 en el transcurso de una operación policial en Saintes (Francia), que culminó con la detención de varios miembros de la organización terrorista ETA, entre ellos Ainhoa García Montero, por entonces uno de los responsables de dicha organización.
El documento original junto a otros datos que han hecho posible la detención se hallaban entre la documentación que recientemente ha sido entregada por Francia a las autoridades españolas y que está siendo analizada para la resolución de atentados que permanecen sin esclarecer.
La investigación y detención se ha desarrollado por efectivos del Servicio de Información de la Guardia Civil, bajo la dirección del Juzgado Central de Instrucción número 3 y la coordinación de la Fiscalía de la Audiencia Nacional.
José Carlos Apeztegia Jaca fue condenado por su implicación en la red de extorsión de ETA y cobrar el llamado "impuesto revolucionario" a empresarios vascos. Por estos hechos fue juzgado en 1993 junto con Luis Manuel Idarraga Gorostiaga, Jon Andoni Solagurenbescoa Betelu y el abogado de HB Álvaro Reizabal.
Apeztegía reconoció haber exigido dinero a al menos once empresarios, habiendo cobrado de ellos diversas cantidades. El dinero, en la mayoría de las ocasiones, lo escondía en la sede del sindicato LAB de Rentería.
Ya en la cárcel fue acusado de amenazar de muerte a un funcionario del Centro Penitenciario de Huelva. Por estos hechos fue finalmente absuelto por la Sección Primera de la Sala de lo Penal de la Audiencia Nacional en diciembre de 2008 pese a que la Fiscalía pedía dos años más de cárcel. El Ministerio Público le acusó de haber apuntando con el dedo índice y el pulgar extendidos al funcionario en lo que se interpretó como una simulación del disparo de una pistola.