El apartado de autogobierno, que ocupa 10 de las 71 páginas del texto pactado y se titula "Más y mejor autogobierno", reconoce a los dos socios la "libertad para defender" en la ponencia de autogobierno sus "respectivos postulados y planteamientos en materia de autogobierno".
Este apartado ha sido el más complicado de la negociación entre nacionalistas y socialistas por las profundas diferencias que mantienen en cuanto al llamado "derecho a decidir" o a la bilateralidad en las relaciones de Euskadi con el Estado que defiende el PNV y rechaza frontalmente el PSE-EE.
Ambos partidos se comprometen a buscar "con el mayor consenso posible una formulación abierta" de las bases y principios para la actualización del autogobierno vasco, que se tramitará "siguiendo las normas y procedimientos jurídicos-legales vigentes".
Así mismo, establece que una vez aprobado por las "instituciones competentes" el acuerdo será sometido a referéndum como establece la actual Carta de Gernika, sin mencionar la "consulta habilitante" antes de llevarlo al Congreso de los Diputados que defiende el PNV.
Nacionalistas y socialistas no concretan una posición común y solo mencionan las cuestiones que se debatirán en el Parlamento, como el "reconocimiento de Euskadi como nación" o el "reconocimiento del derecho a decidir del Pueblo Vasco y su ejercicio pactado en un marco de negociación y acuerdo dentro del ordenamiento jurídico vigentes en cada momento".
También incluyen la posibilidad de reformar la Constitución para aumentar el autogobierno vasco y "blindar" sus competencias -que encaja con la reforma federal que propone el PSOE-, las relaciones con Navarra y el País Vasco francés o la presencia de Euskadi en organismos de la UE.
El mantenimiento de la cláusula de reserva de los Derechos Históricos en la Constitución y la reforma de la arquitectura institucional interna del País Vasco, con la "definición" de las competencias en materia fiscal del Parlamento, son otros de los asuntos a abordar en la ponencia.
PNV y PSE-EE "avanzan", a partir de los informes de 1993 y 1995, que las competencias y funciones no transferidas al País Vasco pese a estar recogidas en el actual Estatuto son 35, de las cuales califican como "prioritarias" las de prisiones y la gestión de la Seguridad Social sin romper la "caja única".
Otras materias que reclaman como pendientes son el Instituto Social de la Marina, el FOGASA, los aeropuertos, puertos, ferrocarriles y autopistas, banca, seguros, sector público estatal, defensa de la competencia, hidrocarburos, seguridad privada, el carné de conducir o la matriculación de vehículos, entre otras.
En la introducción del acuerdo, el PNV y el PSE-EE valoran el Estatuto de Gernika y dicen que su actualización debe servir para "profundizar en la convivencia democrática y avanzar en la cohesión y la justicia social".
Además de la reforma para su ampliación, los dos partidos estiman "urgente e inaplazable" crear mecanismos más eficaces para la "defensa del autogobierno vasco" ante el "fuerte impulso recentralizador" del Estado y garantizar su "cumplimiento íntegro".
Así mismo, el acuerdo de gobierno entre peneuvistas y socialistas limita la modificación del entramado institucional vasco -una reivindicación histórica del PSE- al compromiso de abordar una "reflexión compartida" sobre la "proyección interna" de autogobierno.
Esa reforma interna reconocerá "la fuerte personalidad diferenciada de cada uno de los territorios" pero "al mismo tiempo, garantizará una articulación más equilibrada entre las instituciones comunes (Gobierno y Parlamento vasco) y los Territorios Históricos", además de incorporar a los Ayuntamientos.
