Álvarez Conde estaba de baja médica desde que estalló la polémica en torno al máster de Cifuentes. Era uno de los cuatro procesados en el caso del máster por un supuesto delito de falsedad documental, por la supuesta falsificación del acta del trabajo de fin de máster de la expresidenta regional.
El ex director del Instituto de Derecho Público, reconoció en primicia en una entrevista con Carlos Alsina, que falsificó el acta del examen de Cristina Cifuentes. "Reconozco mi culpa porque le hice caso e intenté reconstruir una hipotética acta que se le envió al rector por la tarde", explicaba en Más de Uno.