Nuñez de Balboa murió decapitado cerca de la ciudad que él mismo fundó. Santa María la Antigua del Darién fue la primera ciudad española del continente americano de lo que entonces se llamaba tierra firme.
Estaba situada en el extremo meridional del Caribe, próxima a lo que hoy es la frontera de Colombia con Panamá.
El Darién era una comarca de colinas achaparradas y playas quebradas flanqueadas de palmeras. El interior estaba repleto de pantanos, y más allá, quedaba una zona sombría de un desierto anegado. Por encima del delta se extiende una zona de litoral abrupto donde la tierra se alza en escarpaduras oscurecidas por la floresta tropical. Aquel era un lugar inverosímil para establecer una colonia. Parecía un enclave estratégicamente inadecuado. No dominaba ninguna ruta comercial presente o futura. Sin embargo, la audacia humana, hermanada con la fortuna, en ocasiones se impone a la lógica. El Darién era un lugar protegido por su propia naturaleza.
Darién fue el principio y la base de todos los descubrimientos y asentamientos cristianos en tierra firme. La capital del Darién llegó a tener más habitantes que muchas ciudades españolas y fue lugar de episodios dignos del verdadero realismo mágico: allí hubo una peste de modorra, hizo tanto calor y humedad que la gente moría de no hacer nada, también hubo una guerra tácita y truculenta entre dos españoles: Pedro Arias Dávila y Vasco Núñez de Balboa.
Los sucesos ocurridos en el Darién pueden reconstruirse con cierta precisión ateniéndonos a fuentes originales que estuvieron allí. En la primera colonia española establecida sobre el continente americano, encontramos relatos de villanos y de un héroe genuino, envueltos en aventuras, desastres, conspiraciones y triunfos históricos casi tan volátiles que la Copa del Mundo de la Selección Femenina.
Gonzalo Fernández de Oviedo fue el primer cronista de las Américas. Fernández de Oviedo escribió de Nuñez de Balboa que era un hombre valeroso. Lo describía como él único capitán con la capacidad de insuflar estímulo en quienes tenía a su cargo y a quienes cuidaba como si fueran sus hijos. Quizá, por ese aspecto, Balboa disponía de una enorme influencia sobre los hombres que mandaba. En aquellos tiempos de furia, Balboa no era de los que se ensañaba gratuitamente con los otros, tampoco con sus enemigos. Al menos no por costumbre.
Vasco Nuñez de Balboa fue quien gobernó el Darién durante los primeros años. Su gran enemigo fue Pedro Arias Dávila, el de los ojos grises, también llamado Furor Domine, la cólera de Dios. Arias Dávila llegó como el nuevo gobernador.
Cuando supo que el mar del Sur ya había sido descubierto, la ira de su orgullo estalló, metiendo preso a Balboa. Pensó enviarle a España, pero lo detuvo la idea de que fuera recibido como un héroe; descubrir un mar era tan importante como encontrar un continente. Desde el principio, sintió celos de la capacidad de Balboa, le molestaba su espíritu indómito. Arias Dávila había soñado con alcanzar la gloria como descubridor.
Vasco Nuñez de Balboa era un tipo apuesto, a quien el obispo defendía a ultranza. Por su actitud y prestigio. Pedro Arias Dávila, acuciado por su esposa, accedió a casar una de sus hijas con el descubridor. En un giro rocambolesco de los acontecimientos, se ofició un matrimonio con dos enemigos íntimos. Pedro Arias Dávila representó a su hija en la ceremonia de casamiento con Vasco Nuñez de Balboa. Arias Dávila llamó hijo a Balboa y fingió favorecerlo. Pero aquello duró poco, duró hasta que el obispo regresó enfermo a España. El gobernador ordenó apresar al descubridor. Se organizaron las intrigas para acusarle. Y se resolvió que era responsable de demasiadas culpas. La sentencia se firmó el 12 de enero de 1519. Ese mismo día, Vasco Nuñez de Balboa murió decapitado.
Después llegó el declive de la primera ciudad española en tierra firme. Los indios le prendieron fuego a Santa María la Antigua del Darién. Un diluvio y una inundación cubrieron el valle. Durante más de cuatro siglos se ignoró la ubicación de la ciudad mítica que, según Fernández de Oviedo, fue la causa de "más muertes que estrellas hay en el cielo". A mediados del siglo XX, aparecieron los restos de la catedral.
