En 1808, toma el puerto de Somosierra el llamado Gran Ejército, con el mismísimo Napoleón al frente. Tras aquella batalla, Napoleón durmió en Buitrago. Quedando, desde ese momento, las tropas de Bonaparte acantonadas en el pueblo, instalándose incluso un hospital militar.
Los trabajos arqueológicos en el castillo descubrieron restos humanos de 6 cuerpos. Entre los huesos se hallaron unos cuantos botones en los que todavía podía leerse la palabra Gilt. Sabemos que los ingleses fabricaron botonería para el ejército español durante la Guerra de la Independencia. Muy probablemente los muertos sepultados en aquella fosa fueran soldados españoles.
En Buitrago, el edificio principal ofrecía considerables comodidades para tropa y caballería. Había cocinas, horno, refectorio, dormitorios, corrales, pajares y una gran nave. Por allí pasó el general Murat. Joaquín Murat, cuñado Napoleón. Murat el gran duque de Berg, mariscal de Francia y rey de Nápoles. El mismo Murat que antes de llegar a Buitrago reprimió el levantamiento del 2 de mayo.
Cerca de Buitrago, en Lozoyuela, la soldadesca de Bonaparte mató a los hombres y mujeres que ofrecieron resistencia a sus constantes saqueos. En la comarca hubo crimen y rapiña de los invasores.
En julio de 1812 las partidas guerrilleras antiimperialistas de Juan Martín,el Empecinado, atacaron a un centenar de militares franceses a las afueras de Buitrago. Con el factor sorpresa, los tropas de Napoleón salieron peor paradas de aquel combate.
Los antiimperialistas del Empecinado se escondían en Torrelaguna. Golpeando al ejercito francés en la Sierra Norte de Madrid, con escaramuzas en Colmenar Viejo y Manzanares del Real.
Juan Martín, fue labrador, antes de convertirse en el Empecinado. En mayo de 1808 junto a dos amigos, Juan García y Blas Peroles, decide dar respuesta a los invasores imperialistas. La idea puede parecer demasiado comprometida para los tiempos que corren; pero, los hechos dicen que sólo tres años después de que Martín dejase su aldea, tres años después estaba al frente de un ejército de voluntarios de seis mil hombres.
Lograron victoria tras victoria, sonrojando a los franceses. El Empecinado no tenía ni formación militar ni conocimientos tácticos. Pero, comprendió la insensatez de enfrentarse a un ejército tan poderoso en campo abierto. Se consagró a la guerrilla.
En los Episodios Nacionales, Benito Pérez Galdós reflexiona sobre aquel tipo de combatientes. Escribe Galdós que en las guerrillas no hay verdaderas batallas. No se da ese duelo previsto y deliberado entre ejércitos que se buscan, se encuentran y se baten. Las guerrillas son la sorpresa, es preciso que una de las dos partes ignore la proximidad de la otra.
Su principal arma no es el trabuco; es el terreno. Es el terreno, porque según la facilidad y la ciencia prodigiosa con que los guerrilleros se mueven, parece que el terreno se modifica a cada paso prestándose a sus intenciones.
En el sector oeste del castillo de Buitrago, los arqueólogos hallaron una moneda de ocho maravedíes, del rey Fernando VII, acuñada en 1815. Fernando VII, el rey español que terminaría ordenando la persecución del Empecinado por considerarle demasiado peligroso para el absolutismo.
